端砚石眼其实是一种天然生长在砚石上，有如鸟兽眼睛一样的名贵花纹。石眼呈翠绿色，或黄绿色，或米黄色，或黄白色或粉绿色，大小不一，一般直径是 3~5毫米，也有个别达到8~15毫米的，而且神态各异。《端溪砚史》记述：“圆晕相重，黄黑相间，翳睛在内，晶莹可爱……”清末潘次耕的《端石砚赋》更 是生动地描述：“人唯至灵，乃生双瞳；石亦有眼，巧出天工。黑睛朗朗，碧晕重重；如珠剖蚌，如月丽空。红为丹砂，黄为象牙；圆为鸲鹆，长为鸟鸦。或孤标而 双影，或三五而横斜；象斗台之可贵，唯明莹而最佳。”写得惟妙惟肖，淋漓尽致。宋赵希鹄《洞天清禄集》也有述：“……天生子石，温润如玉，眼高而活，分布 成象……为世之珍。”前人十分重视对端砚石眼的研究和评述，除上述所提及外，还有宋叶樾的《端溪砚谱》，唐询的《砚录》，清屈大均和吴绳年的《端溪砚 志》，计楠的《端溪砚坑考》，何传瑶的《宝砚堂砚辨》，陈龄的《端石拟》等等。有关端砚石眼的诗文和砚铭就更多了，如余甸中洞活眼砚铭：“莫精于中洞，粹 然者其出水之芙蓉，莫良于眸子，（）然者晓星之当空。”活眼端溪砚铭：“不学无术谁能假借，何为结邻消此闲暇；日就月将观而化活眼，晶莹看破天下。”又张 叔未端溪砚铭：“碧眼黄瞳烂中央，勘书无（）群擅长。”总之，前人多认为“端砚贵有眼”。端砚石眼质地高洁，细腻而晶莹，十分名贵。石眼品类名目繁多，为 了方便辨别和鉴赏，试从几方面分述：一是从形态上来分辨，一般以其形似而定名，而又多以鸟兽类之眼来定名。二是从神态上来区分。三是从石眼的位置来划分。
（1）鸲鹄眼，色翠绿，石眼中央夹有黄、碧、绿各色，晕作数层（以六层至八层为多，也有十多层 的），石眼瞳子圆正，或外形呈椭圆形，形如鸲鹄鸟（亦称八哥鸟）之眼。一般直径为1厘米，曾出现过直径达2厘米多，鸲鹄眼是非常难得而名贵的石眼，最佳者 为青翠绿无能，线条清楚，轮廓分明，瞳子清晰，晕作八层以上，直径亦在感动1厘米。鸲鹄眼一般只出于老坑、麻子坑和坑仔岩。

鸲鹄眼
 
（2）鹦哥眼、了哥眼，色泽亦以翠绿为上，中有瞳子、瞳子为黄黑相间，眼晕作数重，比鸲鹄眼要小些。

鹦鹉眼
 
（3）珊瑚鸟眼，眼的周围色泽青绿，其瞳子稍带赤色，形体较小，大的一般不超过1厘米，小的只有0.3~0.5厘米，有时会密集地聚在砚石的某一部位。
（4）鸡公眼，像雄鸡眼般大小，有黄晕、绿晕相间，中间的黑点较为明显。

鸡公眼
 
（5）雀眼，圆正，形如雀之眼，晕作数重，以黄绿色为主要色素，直径一般在5~6毫米大小。
（6）猫眼，晕作数层，眼及瞳子中有垂直线（其它石眼没有的）。
（7）象牙眼，主要特征是石眼呈乳白色，近似象牙的颜色，瞳子中间有黑点，一般见于老坑或坑仔岩。

象牙眼
 
（8）象眼眼的形状细长（不圆正），有时如卵石，似大象的眼睛，色泽均为黄绿色。
（9）绿豆眼，其颜色与绿豆非常相似，青绿加一点土黄的混合色，形体如绿豆般大小。

绿豆眼
 
（10）翳眼瞎眼，眼的外围形状不清晰，有点模糊，眼中无瞳 子，或瞳子模糊不精，分不出层次，端石中常见于梅花坑和蕉园坑（即有眼宋坑）。老坑、麻子坑及坑仔岩也偶有发现。
（11）怒眼，像兽类发怒时的眼睛，眼睁大，而瞳孔小。
（12）泪眼，石眼像流泪一样下沿呈滴水状，下沿的边线模糊。

泪眼
 
（13）死眼，没有瞳子、没有晕，更没有层次的石眼。

死眼
 
（14）活眼，《端溪砚史》转引李之彦《砚谱》写道：“圆晕相重，黄黑相间，翳睛在内，晶莹可爱，谓之活眼。”活眼线条清晰，轮廓分明，像鸟兽的眼 睛。《两般秋雨（）随笔》云：“水岩石按外层有淡墨晕，眼嵌石中，其圆如珠，初磨见淡墨圆晕，即眼皮也。愈磨愈大，层亦愈多，睛见而眼适中矣。故宜眼处见 睛而止，不宜眼处见皮而止，毋再磨也。”实践证明如此。
（15）高眼，所谓高眼，唐询在《砚录》云：“……其生于墨池之外者谓之高眼，生其内者即曰低眼。高眼尤为人所爱尚，以其不为墨所清掩，常可睹于前 也。”唐询以墨池作界定，我认为不够完善和准确，石眼凡在墨池上给予雕刻提供“天工”的条件，使雕刻（艺术加工）与石眼高度结合，内容与形式相统一，就能 达到锦上添花的效果。如将“眼”作珠，刻制成“龙吐珠”；或将“眼”作星光，刻制成“吉星高照”。这亲的石眼叫作高眼。
（16）低眼，石眼生长在砚堂中或砚堂的下端，或砚边者，谓低眼。另有所谓“底眼”，即石眼在砚背者。其实，低眼和高眼如经过创作人员的精心设计， 独具匠心的刻制，是可以转化的。坑仔岩《近水楼台先得月砚》，原石有二颗名贵佳眼，其生长位置恰好在砚石的下部（低眼），作者将其设计为倒影的明月，意境 含蓄高雅，达到自然天成的艺术效果。
关于端砚石眼的形成，前人也曾作过探讨和研究，他们认为砚石中有青脉者，必有眼，前人的说法是一种感性的认识，同时又是反复实践得出的结论。但这种 说法缺乏科学根据，不一定准确。随着科学的发展，矿石地质学的勃兴，于是端石眼形成的论述逐渐成熟。最早见于日本著名学者坂东贯三在其所著的《中国古砚与 文艺》（胡一臧译）一书：“石眼之质为石连虫，而其本体杂有辉缘岩，石连虫开似蛆虫或如蚯蚓状，此虫体为石灰质，冲去石灰质而于其中渗入辉绿岩以凝洁成之 物也。”浙江有一位对端砚颇有研究的刘雪樵先生，曾写过《略谈端石眼》一文，则认为：“至于1961年有人初步判断端石是一种泥质变质岩……其中‘眼’便 是彩泥形成的‘结核’……。此说较符合实际，但是板东说石眼是像蛆虫或蚯蚓的石连虫变成，现在我们不管梨看，石眼毫无一点像蛆虫或蚯蚓形状的化石痕迹，如 能说他是虫变？……至于端石的‘眼’对实用上是否还有关系呢？我认为是没有的。”刘文对端石眼的看法代表了一部分人的观点，其对石眼形成的观点有一定的根 据。我们试图在前人研究的基础上对石眼进行比较系统全面的调查研究，并得到地质部门的支持，实地勘察和研究大量资料，并先后将100多颗不同的石眼（包括 各坑洞的）切片化验，证实了端砚石眼是一种含铁质的结核体。石眼产于砚石这类含铁质水云母页岩中，与铁质有着密切关系。常分布于小侵蚀面上，条纹状构造、 小型斜交层理发育的砚石内。形态成球形、椭圆形、卵形、扁豆形。按内部结构可分实心和空心结核以及单体和复体结核等类型。按其开头及各种结核与围岩的关 系，表明这些结核均是在成岩的不同阶段形成的。大体成岩早期阶段形成以黄铁矿为核心的结核，可能是交代早已埋藏的钙质或生物碎片而成的结核，其特点是与围 岩的接触界线呈过渡关系，其成分除铁质外，其他与基质相似。（如老坑所见）在成岩过程中形成的结核，夹于紫色铁质条带内，成椭圆状或球形。这种结核，表面 呈青灰色、黄绿色，如坑仔岩、麻子坑、蕉园坑等所见。而在缺少铁质成分的砚石中，有一些球形结核是空心的，称之“死眼”；是由粘土矿物为核心，吸附很薄一 层青绿色的氢氧化铁包成壳，这种结核可能是成岩作用后期完成的，因此，端砚石眼这种含铁质结核体，是沉积埋藏之后，在成岩作用过程中不断聚集铁质成份，形 成晕圈数重乃至十数重的花纹，是端砚石中极其名贵而又稀有的石品。（广东省地质矿产局719地质大队1985年的《广东省肇庆市端砚地质调查报告》）